Struktura organizacyjna:
Biuro Dyrektora Generalnego Departament Inspekcji Departament Kontroli Odpadów Departament Monitoringu Środowiska Departament Administracyjno – Finansowy Departament Prawny Departament Zwalczania Przestępczości Środowiskowej Departament Informatyzacji Zespół do spraw Kontroli i Audytu Centralne Laboratorium Badawcze Krajowe Laboratorium Referencyjne do spraw jakości powietrza atmosferycznego Krajowe Laboratorium Referencyjne do spraw jakości wód powierzchniowych