Podstawowym zadaniem Zespółu do spraw Kontroli i Audytu jest wykonywanie audytu i kontroli wewnętrznej, w tym kontroli finansowej w Głównym Inspektoracie oraz koordynacja kontroli wojewódzkich inspektoratów, w szczególności w ramach współpracy z organami ścigania i innymi organami kontroli, realizacja zadań z zakresu obronności regulowanych odrębnymi przepisami, a także zapewnienie przestrzegania w Głównym Inspektoracie przepisów ustawy z dnia 5 sierpnia 2010 r. o ochronie informacji niejawnych, obsługa Administratora Bezpieczeństwa Informacji w Głównym Inspektoracie w wykonywaniu powierzonych mu zadań oraz zbieranie i przechowywanie oświadczeń majątkowych pracowników Głównego Inspektoratu oraz ich kontrola po otrzymaniu upoważnienia Dyrektora Generalnego.