Podstawowym zadaniem Departamentu Informatyzacji jest utrzymanie systemów informatycznych i nadzór nad ich eksploatacją, zapewnienie obsługi informatycznej, zapewnienie prawidłowego funkcjonowania systemów informatycznych, koordynowanie działań wynikających z informatyzacji Głównego Inspektoratu, wsparcie realizacji projektów z częścią informatyczną, ochrona systemów i sieci teleinformatycznych. Gospodarowanie oraz nadzór nad sprzętem i oprogramowaniem informatycznym GIOŚ. Obsługa strony internetowej Głównego Inspektoratu.

Podstawowym zadaniem Biura Dyrektora Generalnego jest zapewnienie funkcjonowania urzędu, poprzez obsługę Głównego Inspektoratu w obszarze: organizacyjnym i komunikacyjnym, kadrowym, współpracy z zagranicą, zamówień publicznych i pozyskiwania środków finansowych.

Podstawowym zadaniem Departamentu Zwalczania Przestępczości Środowiskowej jest:

• prowadzenie spraw z zakresu przeciwdziałania i wykrywania przestępstw i wykroczeń przeciwko środowisku, wykonywanie kontroli pozaplanowych interwencyjnych oraz czynności w zakresie przeciwdziałania i wykrywania przestępstw i wykroczeń przeciwko środowisku;
• realizacja działań prewencyjnych mających na celu ograniczenie działalności przestępczej w zakresie korzystania ze środowiska;
• prowadzenie baz danych oraz analiz niezbędnych do ujawniania i przeciwdziałania przestępstwom i wykroczeniom przecieku w środowisku, w szczególności w zakresie ograniczenia tzw. "szarej strefy" występującej na rynku gospodarowania odpadami.

Podstawowym zadaniem Krajowgo Laboratorium Referencyjnego do spraw jakości wód powierzchniowych jest zapewnienie nadzoru nad jakością badań i analiz w zakresie wód powierzchniowych wykonywanych przez Centralne Laboratorium Badawcze oraz inne podmioty prowadzące badania monitoringowe, w szczególności poprzez prowadzenie badań i oznaczeń próbek biologicznych, wody i osadów, tworzenie, weryfikację i aktualizację przewodników i wytycznych do wykonywania badań biologicznych, organizowanie porównań międzylaboratoryjnych i badań biegłości, ujednolicanie metod i procedur badawczych oraz wdrażanie nowych metodyk badawczych.